In 1603 keert Cats weer terug naar Zeeland. Hij vestigt zich op aanraden van zijn vriend Apollonius Schotte, als advocaat te Middelburg. Daar gaat hij wonen in een huis van de rijke koopman Balthazar de Moucheron. Op dat moment woont diens broer Pieter met zijn gezin in het huis. Cats trekt bij het gezin in. Na enige tijd koopt Cats het huis van de Moucherons. Hij laat het van binnen aanzienlijk verbeteren en verfraaien.

Het huidige pand, gelegen aan de Lange Noordstraat, heeft in de kroonlijst de datering MDCCLI (1751). Dat wil zeggen dat de voorgevel in de 18e eeuw dus nieuw opgetrokken of verbouwd is. Het achterliggende huis is ouder. In de 19e eeuw is een gevelsteen in de voorgevel aangebracht met de tekst “Woonhuis van Jacob Cats 1603-1623”.

Cats maakt carrière in de Zeeuwse hoofdstad, die dan een bloeitijd beleeft. In december 1603 wordt hij aangesteld tot stadsadvocaat. Van 1621-1623 is hij tevens stadpensionaris. Deze functie is min of meer vergelijkbaar met die van de huidige gemeentesecretaris.

Fortuin

In 1605 trouwt hij in Amsterdam met de rijke, uit Antwerpen afkomstige Elizabeth van Valkenburg. Het echtpaar zal zeven kinderen krijgen, waarvan slechts twee dochters de volwassen leeftijd bereiken. Spoedig na zijn huwelijk koopt hij buitenplaats het Munnikenhof onder Grijpskerke. Dit was eens een uithof van de Middelburgse abdij.

Cats maakt zijn fortuin met indijkingen in Staats-Vlaanderen (het huidige Zeeuws-Vlaanderen). Hij sticht er de Catshoeve bij Groede.
Eind 1622 laat het stadsbestuur van Dordrecht weten Cats graag als pensionaris in dienst te nemen. En dat is de reden dat hij in 1623 vertrekt uit Middelburg.