Het stadhuis is allereerst gebouwd voor het stadsbestuur van Middelburg. Ook de handel in vlees en lakenstof vindt er onderdak. Vanaf 2004 is de Roosevelt Academy de voornaamste gebruiker.

Stadsbestuur, Vleeshal, Lakenhal, Vierschaar

Het zijn (vanzelfsprekend) in eerste instantie het stadsbestuur en de gemeentelijke ambtenaren die het stadhuis gebruiken. In het verleden zijn echter economie en stadsbestuur nauw met elkaar verbonden. De toenemende vraag naar vlees en handel in wol moeten in banen geleid worden. Vandaar dat een Vleeshal met daarboven een Lakenhal aan het stadhuis zijn gebouwd. Tot 1900 is de Vleeshal ook als zodanig in gebruik.
Op de begane grond van het gebouw bevindt zich ook de Vierschaar. Dit is de plek waar recht wordt gesproken.

Terechtstelling

De stad Middelburg bezit het zogenaamde halsrecht. Dit betekent dat de doodstraf uitgesproken mag worden.

Terechtstellingen vinden plaats op het marktplein voor het stadhuis. Tot en met 1838 worden daar personen in het openbaar terechtgesteld. De laatste vrouw die er ter dood wordt gebracht is de moordenares Sara Janse Geldhof in het jaar 1838.

Jammerlijk

Na 1900 brengt men in de voormalige Vleeshal het gemeentelijk oud-archief onder. Op 17 mei verbrandt dit jammerlijk. Ook de stedelijke oudheidskamer, een stedelijk museum met bijzondere voorwerpen als schilderijen (waaronder schuttersstukken), middeleeuwse muziekinstrumenten en veel meer, gaan dan geheel verloren.

Niet alleen oorlogshandelingen zorgen echter voor verlies of verdwijnen van oude delen van het complex. Zo is het zogenaamde adelaarshuisje al heel lang verwenen. Dit uit het einde van de 16e eeuw daterende gebouwtje herbergt één of meer levende arenden als verzinnebeelding van het Middelburgse wapen. Het huisje op de hoek van het stadhuis, naast de Vleeshal, is in 1858 afgebroken. De laatste Middelburgse arend is opgezet en bevindt zich in de collectie van het Koninklijk Zeeuwsch Genootschap der Wetenschappen.

Gedaanteverwisseling

Bij de herbouw na 1940 ondergaat het interieur een gedaanteverwisseling. Wel richt men het in oude stijl in met antieke meubelen, schilderijen en wandtapijten. Het zogenaamde gotische gedeelte van het stadhuis bestaat nu uit:

• voorhal
  
• Trouwzaal
  
• trappenhuis
  
• voormalige Raadszaal
  
• voormalige B& W Kamer
  
• Burgerzaal

De aanbouw aan de Lange Noordstraat en de Helm (het pleintje achter het stadhuis) is naoorlogs en modern ingericht.

Verhuizing

Ook na de herbouw van het stadhuis is het nog steeds de zetel van het gemeentelijk bestuur. Op den duur voldoet het gebouw echter niet meer voor bestuur en ambtenarenapparaat. De kamers en zalen in het gebouw zijn niet praktisch in het gebruik als kantoorruimte. Ook is het te klein om alle medewerkers te kunnen huisvesten. Verschillende afdelingen zijn verspreid over de stad in diverse gebouwen gehuisvest. Vandaar dat de gemeente Middelburg in juni 2004 een nieuw stadskantoor aan het Kanaal door Walcheren in gebruik neemt.

Nieuw gebruik

Sinds 2004 is het stadhuiscomplex in gebruik bij de Roosevelt Academy. Dit is een universitaire bacheloropleiding naar Amerikaans model. Vanaf begin 2007 is ook het gotische deel in beheer bij de Roosevelt Academy. In dit deel van het gebouw vinden regelmatig bijeenkomsten en vergaderingen plaats. Ook huwelijken worden er nog steeds voltrokken.
De Stichting Beeldende Kunst Middelburg gebruikt de naastgelegen Vleeshal als expositieruimte.
In het zomerseizoen zijn er rondleidingen in het gotische deel van het stadhuis. Dit alles maakt het mogelijk voor belangstellenden een groot deel van dit historische gebouw te bezoeken en te bewonderen.