De waterkering bevat twee pijlerdamrijen. Deze bevatten grote schuiven die bij zware storm, al dan niet in combinatie met een springvloed, naar beneden gelaten kunnen worden. Zo kan bij hoogwater de vloed de Oosterschelde niet binnenkomen. Bij een verwachte waterstand van +3,00 meter N.A.P. zullen de deuren gesloten worden door mensen in de bedieningskamer in het ir. J.W. Tophuis op Neeltje Jans. Als er niemand aanwezig is, zullen de deuren bij +3,00 meter automatisch sluiten. Sinds de ingebruikname zijn de schuiven 24 maal gesloten geweest (zie onder), afgezien van testsluitingen.
 
Video:
Door het zoute water moet de Oosterscheldekering continu worden onderhouden. Bekijk links deze video (van veoh.com).
Tekening met doorsnede van pijlerdam en overzicht van gehele stormvloedkering, 1986 (Beeldbank Zeeland)
Links:
Tekening met een doorsnede van de pijlerdam en een overzicht van de gehele stormvloedkering, 1986 (ZB, Beeldbank Zeeland)
Hydraulische cilinders
Voor de aandrijving van de schuiven is gekozen voor hydraulische cilinders. Deze cilinders zijn niet enkel in staat om de schuiven op te trekken, maar ook om deze als dat nodig is naar beneden te drukken. Deze cilinders steken boven de pijlers uit; aan de hoogte van de cilinder kan men zien hoe diep de Oosterschelde ter plaatse is. Het bedrijf Hydraudyne (tegenwoordig Bosch Rexroth) levert onder andere deze hydraulische cilinders voor de Oosterscheldekering. Hierbij wordt een recordaantal van 56 kilometer hydraulisch leidingwerk gebruikt.
De schuiven van de stormvloedkering zijn gesloten, circa 1985 (Beeldbank Zeeland)
Links:
De schuiven van de stormvloedkering zijn gesloten. Goed te zien is dat de cilinders die boven de pijlers uitsteken, nu de schuiven naar beneden hebben gedrukt. Foto van omstreeks 1985 (ZB, Beeldbank Zeeland; foto: Jaap Wolterbeek)
Sluiting schuiven
De procedure is dat bij waterstanden boven de drie meter N.A.P. (= Normaal Amsterdams peil) de kering wordt gesloten. Op de navolgende momenten (behoudens tests) zijn de schuiven gesloten geweest:
Data met meters NAP dat schuiven van stormvloedkering gesloten zijn
Plaatsing van de eerste schuif op 29 augustus 1984 (Beeldbank Zeeland)
Links:
Plaatsing van de eerste schuif in de pijlerdam op 29 augustus 1984 (ZB, Beeldbank Zeeland; foto: Deltaphot)
Video
Bekijk hier een video over de werking van de Stormvloedkering (van zeelandnet.nl