Na het wegvallen van de rijke opbrengsten uit de haringvisserij in de 16e eeuw verschuift de aandacht naar de kustvisserij. In deze rumoerige tijden komt de mosselvisserij opzetten. De omvang van de visserijactiviteiten is wel een stuk kleinschaliger.

Kustvisserij

In de tweede helft van de 16e eeuw breekt een periode van grote onrust aan. Het uitbreken van de Tachtigjarige Oorlog in 1568 leidt tot een enorme terugval in de eens zo rijke haringvisserij. Vanwege veiligheidsredenen nemen vissers veelal hun toevlucht tot de kleinschalige kustvisserij. In deze min of meer beschermde wateren wordt nog wel gevist op haring maar dus op veel kleinere schaal. Ook kabeljauw, heilbot, tarbot en schelvis worden gevangen en enkele soorten die nu vrijwel niet meer bekend zijn als molenaar en harder . Van een echte beroepsvisserij is echter gedurende deze periode geen sprake meer.

IJsland

Alleen vanuit Zierikzee wordt nog tot aan het eind van de 18e eeuw de visvangst op open zee bedreven. Met voornamelijk de hoeker als scheepstype wordt op de visgronden bij IJsland gevist op kabeljauw. Dit gebeurt met handlijnen voorzien van haken of met hoekwant . De hoeker wordt vanuit Zierikzee ook ingezet voor de koopvaardij.

In 1711 bestaat de Zierikzeese hoekervloot nog uit 80 schepen, kort voor 1800 is er niets meer. Van de drie schepen die Jacob Roggeveen gebruikt voor zijn tocht waarbij hij in 1722 Paaseiland ontdekt, is één een hoeker.

Vissersplaatsen

In de 15e en 16e eeuw zijn een aantal dorpen uitgegroeid tot echte vissersplaatsen. Zo voegen zich bijvoorbeeld Arnemuiden, Brouwershaven, Westkapelle en Biervliet bij reeds gevestigde namen als Zierikzee en Vlissingen. Al deze plaatsen zijn dan goed bereikbaar. Het merendeel beschikt ook over een haven en over een gunstige, beschermde ligplaats (rede) voor grotere schepen. Dit is met name van belang voor de handel. In dit geval dus zeker voor de doorvoer van zout en gezouten vis naar verder weg gelegen streken. Zoals later vaak blijkt is de ligging van deze plaatsen met haven en rede ook een factor van militair en strategisch belang. Maar zelden kunnen zij aan oorlogshandelingen ontsnappen.

Boomkorvisserij

De relatief kleinschalige visserij onder de kust en op de vele binnenwateren voorziet de lokale vismarkten van allerlei soorten vis. Het zijn vooral platvissen als bot, schol, tong en schar. Eerst worden deze vissen met netten en veel handwerk vanaf het land gevangen. Zelfs paarden worden ingezet om de netten te trekken. Een zakvormig net voor het vangen van platvis (ook wel schrobnet of kor genoemd) wordt over de bodem van het water getrokken. Later wordt dit soort van (grotere) netten aan stokken of 'bomen' bevestigd, zodat ze openblijven en achter een schip worden voortgesleept. Deze wijze van vissen bestaat nog steeds, de zogenaamde boomkorvisserij.

Garnalen

Ook op garnalen wordt al gevist sinds de 15e eeuw. De garnalenvangst vindt plaats vanuit allerlei Zeeuwse kustplaatsen maar toch vooral vanuit Arnemuiden. Net als de platvis wordt de garnaal gevangen door een net dat over de bodem wordt voortbewogen. Het is ook een sleepnet (kor). Het net voor de garnalenvisserij heeft vanzelfsprekend kleinere mazen en is trechtervormig. De garnalenkor is voorzien van een houten (en later metalen 'boom') om het net tijdens het slepen open te houden

Export

Na de periode van Tachtigjarige Oorlog en Engelse Zeeoorlogen wordt de kustvisserij weer wat professioneler. De handel leeft ook weer op vanwege toenemende veiligheid en vraag naar visproducten. Zo ontwikkelt zich dan ook de verwerking van vis en garnalen aan boord van de vissersboten. De techniek van het conserveren van vis en garnaal met zout wordt verbeterd. Vanaf eind 19e eeuw worden garnalen aan boord van de schepen zelfs gekookt. Een deel der garnalenvangst wordt geëxporteerd, met name naar België, Frankrijk en Engeland.

Arnemuiden

Met het verzanden van de rede vanaf het eind van de 16e eeuw raakt Arnemuiden in een isolement. Het stadje verliest gaandeweg zijn centrumfunctie, maar behoudt wel een vissersvloot. Vanwege de aanleg van de Sloedam (1871) verplaatst deze zich naar Vlissingen en Veere. Vanaf 1880 krijgen ook Breskens en Brouwershaven naam op het terrein van de garnalenvangst, mede vanwege uitgeweken Arnemuidse garnalenvissers.

Hoogaars

Het schip dat de Arnemuidse vissers gebruiken voor de garnalenvangst is de hoogaars. Dit model vissersschip is mogelijk gebaseerd op een vrachtvaartuig van de grote rivieren. De hoogaars is een platbodem met smal vlak en een lange, rechte en spitse voorsteven. De zijden van het schip staan bol naar buiten. Kenmerkend zijn ook de lange smalle zwaarden die aan de zijden zijn bevestigd. De naam hoogaars houdt, in tegenstelling tot wat de naam doet vermoeden, verband met de hoog uit het water liggende boeg .

Vanwege zijn bouw is het uitermate geschikt voor de visserij in ondiepe wateren. Behalve voor de garnalenvangst is het dan ook veelvuldig gebruikt in de mossel- en oestervisserij. Met name op de scheepswerf van Meerman in Arnemuiden (zie rechts) zijn vele van deze voor de Zeeuwse visserij zo typerende schepen gebouwd.

Mosselvisserij

Hoewel de mosselvisserij ook reeds in de 15e eeuw voorkomt, verwerft deze pas vanaf de 17e eeuw een belang in de Zeeuwse visserij. In de 18e eeuw breidt dit specialisme zich behoorlijk uit. Met name in het Verdronken Land van Zuid-Beveland en de omgeving van Bruinisse, Terneuzen en Axel komt deze visserij dan veel voor.
Als de al jaren kwijnende stad Reimerswaal definitief verlaten wordt in 1631, verhuizen de mosselvissers uit deze roemruchte plaats naar Tholen. Hiervandaan varen de mosselvissers elk jaar in juni, als de mossels zijn volgroeid, met een 30-tal schepen naar de platen van Lodijke en Reimerswaal. Naast mosselen worden ook krabben gevangen. Tholen ontwikkelt zich in deze tijd tot het voornaamste mosselcentrum van Zeeland. In 1689 wordt er zelfs een gilde van mosselvangers opgericht.

Mosseloorlogen

Regelmatig komen de mosselvissers uit Tholen recht tegenover mosselvissers uit andere plaatsen te staan. Zo zijn er diverse voorbeelden van ruzies over het vissen op zekere mosselbanken met vissers uit Axel, Sas van Gent, Bruinisse, Terneuzen en Gent. Deze conflicten worden ook wel 'mosseloorlogen' genoemd. Een verdiende naam aangezien het soms behoorlijk uit de hand loopt.
In 1707 wordt door de Staten van Zeeland bepaald dat alleen Zeeuwen nog in de eigen provincie mogen vissen. Toch worden nadien nog regelmatig 'buitenlanders' uit Vlaanderen betrapt. Ook ontstaat rond 1775 hoogoplopende ruzie met Bergen op Zoom over visrechten, opnieuw in het voordeel beslecht van Tholen.

Oestervisserij

De eerste schriftelijke bewijzen voor het bestaan van oestervisserij dateren uit het begin van de 17e eeuw. Dan ontstaan aan de zuidzijde van Schouwen spontaan oesterbanken. Voorheen wordt dit schelpdier nog geïmporteerd uit Engeland of Frankrijk, nadien is het niet meer weg te denken uit Zeeland. Vanaf het midden van de 17e eeuw worden actief oesterbanken aangelegd. Aanvankelijk zijn het de plaatsen Zierikzee en Bruinisse die een voorname rol in de oesterteelt spelen. Deze nieuwe sector maakt echter al spoedig kennis met tegenslag. Zo zijn er berichten bewaard van het Zierikzeese stadsbestuur uit de winter van 1669-1670 die handelen over een plotse grote oestersterfte. Ook in onze tijd kennen we deze problematiek.

Concurrentie

Na het verdwijnen van de gilden rond 1800 begint een hevige concurrentiestrijd om visgronden. Daarbij komt het regelmatig tot heuse gevechten. Een stuk of zes vissers uit Yerseke verjaagt zo in 1837 een aantal Thoolse mosselvissers van hun stek.
Om het een en ander in goede banen te leiden is dan inmiddels in 1825 het 'Bestuur der Visscherijen op de Schelde en de Zeeuwsche stromen' opgericht. Pas in de tweede helft van de 19e eeuw komt het echter tot grote veranderingen.
Eind 19e eeuw ontstaat wat wij als moderne mossel- en oestercultuur beschouwen. Yerseke wordt hiervan het centrum van Europa. In korte tijd, tussen 1870 en 1885, stijgt het aantal gebruikte mosselschepen van minder dan 40 tot 120.